К сожалению я не пользовался им. Я пользовался ClamWin - там путь к базам можно указывать в настройках. Также это есть в clamd (unix version). На сколько я знаю, Clam под windows запускается в cygwin, следственно там не должно быть больших отличий, попробуйте поискать clamd.conf например.